Tuotteet

Patogeeniset molekyylireitit kirroosissa maksasairauksissa, kuten hepatiitti C -viruksessa (HCV), autoimmuunihepatiittissa (AIH) ja primäärisessä biliaarisessa kirroosissa (PBC), ovat huonosti karakterisoituja.Erilaisesti ilmentyvät geenit ovat usein tärkeitä taudin patogeneesissä.Suppression subtractive hybridisation (SSH) on genominlaajuinen lähestymistapa, joka rikastaa eri tavalla ilmentyviä mRNA-transkriptejä.Pyrimme tekemään uusia havaintoja differentiaalisesta geeniekspressiosta kirroosissa käyttämällä SSH:ta yhdistettynä kvantitatiiviseen reaaliaikaiseen käänteiskopioijapolymeraasiketjureaktioon (RT-PCR).Maksan transkriptomit HCV-kirroosissa, AIH-kirroosissa, PBC:ssä ja sairastumattomassa maksakudoksessa tutkittiin SSH:lla.Tuloksena saadut komplementaariset DNA- (cDNA)-kloonit seulottiin uudelleen differentiaalisen ilmentymisen suhteen dot-blot-hybridisaatiolla ja sitten sekvensoitiin.Valittu geeniekspressio kvantifioitiin reaaliaikaisella RT-PCR:llä.SSH:n jälkeen 694 kloonia seulottiin uudelleen differentiaalisen geeniekspression suhteen, joista 145 sekvensoitiin ja havaittiin olevan peräisin 89:stä eri geenistä.Seitsemän kloonia olivat homologisia vain ekspressoitujen sekvenssimerkkien (EST) sekvenssien kanssa, jotka koodaavat geenejä, joilla ei ole tunnettua toimintaa.Neljän geenin ylössäädelty ilmentyminen vahvistettiin reaaliaikaisella RT-PCR:llä: transmembraaninen 4 superperheen jäsen 3 (tetraspaniini CO-029) kaikissa kirroosin muodoissa, hedgehog interacting proteiini (HIP) AIH kirroosissa ja kitinaasi 3-like-1 (HC gp-39 tai ykl-40) ja arginiini-glutamiinihappotoisto (RERE) HCV-kirroosissa.RERE-geenin polymorfismeja ja silmukointivariantteja havaittiin kaikissa tutkituissa kudoksissa.Tetraspaniini CO-029:n noususäätely oli ensisijaisesti paikantunut sappitiehyeisiin soluihin.Yhteenvetona voidaan todeta, että uusia havaintoja differentiaalista geeniekspressiosta ihmisen kirroosissa tehtiin käyttämällä SSH:ta ensisijaisena löytötyökaluna.Erityisesti RERE-geenin ja sen tuotteiden lisätutkimukset HCV:hen liittyvässä maksasairaudessa ovat perusteltuja.