Tuotteet

Infrapunaspektroskopiaa on käytetty substraatti-proteiinivuorovaikutusten kartoittamiseen: sarkoplasmisen retikulumin Ca(2+)-ATPaasin konformaatiomuutoksia nukleotidien sitoutuessa ja ATPaasin fosforylaatiossa seurattiin käyttämällä substraattia ATP:tä ja ATP-analogeja (2'-deoksi-ATP, 3). '-deoksi-ATP ja inosiini-5'-trifosfaatti), joita modifioitiin substraatin spesifisissä funktionaalisissa ryhmissä.Adeniinin 2'-OH:n, 3'-OH:n ja aminoryhmän modifikaatiot vähentävät sitoutumisen aiheuttaman ATPaasin konformaatiomuutoksen laajuutta, ja erityisen voimakkaita vaikutuksia havaittiin kahdella jälkimmäisellä.Tämä osoittaa nukleotidi-ATPaasi-kompleksin rakenteellisen herkkyyden yksittäisille vuorovaikutuksille nukleotidin ja ATPaasin välillä.Kaikki tutkitut ryhmät ovat tärkeitä sitoutumisen kannalta ja tietyn ligandiryhmän vuorovaikutukset ATPaasin kanssa riippuvat muiden ligandiryhmien vuorovaikutuksista.ATPaasin fosforylaatio havaittiin ITP:lle ja 2'-deoksi-ATP:lle, mutta ei 3'-deoksi-ATP:lle.Ei ole suoraa yhteyttä nukleotidien sitoutumisen aiheuttaman konformaatiomuutoksen laajuuden ja fosforylaation nopeuden välillä, mikä osoittaa, että ATP:n aiheuttaman konformaatiomuutoksen koko laajuus ei ole pakollinen fosforylaatiolle.Kuten nukleotidi-ATPaasi-kompleksin kohdalla havaittiin, ensimmäisen fosforyloidun ATPaasi-välituotteen E1PCa(2) konformaatio riippuu myös nukleotidista, mikä osoittaa, että ATPaasitiloilla on vähemmän yhtenäinen konformaatio kuin aiemmin odotettiin.